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目  錄

第1章微生物組1

11基本概念1

111微生物群2

112宏基因組4

113微生物組5

12微生物組高通量測序5

121擴增子測序6

122宏基因組測序7

123測序技術的發展9

124鳥槍法宏基因組測序的拓展研究11

13微生物組測序數據和基本分析流程14

小結16

參考文獻16

第2章微生物組大數據及其主流分析方法20

21基本概念及分類20

22微生物組大數據的特征22

23微生物組的主流數據庫23

24微生物組的主流數據分析方法和軟件24

241擴增子分析軟件27

242宏基因組分析軟件27

243統計和可視化工具28

25微生物組數據整合中的批次效應28

251平均中心方法30

252Zscore方法30

253基于比值的方法31

254距離加權判別法31

255ComBat方法31

256基于奇異值分解方法31

257替代變量分析法31

26微生物數據分析流程32

26116S擴增子數據分析流程33

262宏基因組數據分析流程35